Kelompok NII yang biasa melakukan praktik cuci otak berbeda dengan kelompok NII pelaku teror. Pengamat terorisme Sidney Jones menjelaskan, pada dasarnya ada beberapa faksi di NII dan kedua kelompok tersebut tidak berkaitan.
"Saya kira perlu dibedakan NII yang dikaitkan dengan cuci otak. Ada beberapa faksi di NII salah satunya disebut KW 9 yang tidak terkait kekerasan sama sekali. Dan ada yang menamakan diri NII ring Banten yang terlibat bom Bali I, Kuningan I dan beberapa kekerasan di Aceh.
Dia juga menegaskan, kelompok NII yang melakukan teror sama sekali tidak melakukan cuci otak dalam merekrut anggota. Karena itu dia mengaku heran, mengapa di sejumlah film pelaku teror digambarkan sebagai sosok yang labil.
"Mencuci otak kurang pas dikaitkan dengan terorisme karena yang bergabung dengan kelompok teror adalah orang yang sangat rasional. Tapi saya tidak tahu bagaimana mengaitkan keterkaitan NII dengan terorisme.
Namun bagaimanapun menurutnya, polisi harus bergerak cepat dalam menangani pelaku terorisme. Bibit awalnya bisa dilihat dari sejumlah pelaku kekerasan.
"Polisi harus bertindak pada saat itu, pada saat Syarip melakukan kekerasan harusnya ditahan seupaya tidak melakukan kejahatan berikutnya sehingga mungkin tidak ada aksi bom bunuh diri.